与魔法少女奈叶系列的其它作品以高町奈叶为主角不同，本作以StrikerS中的奈叶收养的女孩高町薇薇欧为主角。故事发生在JS事件的4年之后的米德切尔达[3]，刚上魔法学校初等科4年级的薇薇欧已经掌握了魔法基本知识，收到了奈叶和菲特·T·哈洛温送的专用法器"神圣之心"。 另一方面，自称"霸王 英格瓦尔特"的谜样人物正在掀起波澜……
